1990'lı yıllara girildiğinde Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti içinde bir bağımsızlık hareketi baş gösterdi. Özerk Cumhuriyetler birbiri ardından bağımsızlıklarını ilan ediyor ya da bu yönde faaliyetler ortaya koyuyorlardı.

Aliya İzzetbegoviç, Boşnakları kendi öz  benliklerine kavuşturmak ve gerek siyasette gerekse devlet kademelerinde etkili hale getirmek, bağımsızlığın kazanılmasında geri planda kalmamak ayrıca İslâm’ın prensiplerini her ortamda gündemde tutmak amacıyla, 27 Mart 1990’ da Demokratik Eylem Partisi’ni (SDA) kurdu ve 5 Aralık 1990 tarihinde yapılan seçimlerden başarıyla çıkarak Cumhurbaşkanı oldu.

Aliya; Slovenya ve Hırvatistan’ın bağımsızlığını ilan etmesinin ardından Bosna-Hersek de 1 Mart 1992'de gerçekleştirdiği referandum sonrasında bağımsızlığını ilan etti. Halkın yüzde 63’ü referanduma katılmış ve yüzde 99,5 i bağımsızlığa “Evet” demişti.

Ancak Sırplar bu kararın hemen arkasından Müslümanlara karşı savaş açarak yeni bir katliam hareketi başlattılar. Hırvatistan ve Slovenya'nın bağımsızlık mücadelesine destek olan Avrupa ülkeleri ve ABD ise Bosna-Hersek'i Sırp saldırıları karşısında yalnız bıraktılar. Bosna-Hersek Müslümanlarını en çok sıkıntıya sokan da, Avrupa'nın üçüncü büyük ordusu olan Yugoslavya Federal Ordusu'nun Sırp çetnikleriyle birlikte hareket etmesi, onlara destek vermesiydi.

Boşnak Müslümanları henüz askeri birlikten ve silahtan yoksundu. Sırplar, Bosna-Hersek'in önemli şehirlerini işgal ettiler. Bu işgal hareketi bir milyona yakın Müslümanı göçe zorladı. Sırplar daha sonra savaşa dâhil olan Hırvatlarla birlikte, bölgede hem katliam hem de yıkım gerçekleştiriyorlardı. Özellikle camileri ve İslâmi izler taşıyan tarihi Osmanlı eserlerini yıkıyor, güzelim şehri yerle bir ederek harabeye çeviriyorlardı. Ayrıca toplama kamplarında işkence ve tecavüzler hat safhaya ulaşmıştı. 1994'ün sonuna gelindiğinde Bosna-Hersek'teki savaşın daha doğrusu katliam ve kıyımın aldığı can sayısı 250.000'i, göçe zorladığı insan sayısı ise 1 milyonu aşmıştı.

Aliya İzzetbegoviç, çok büyük askeri güce ve imkâna sahip olan Sırplarla, her türlü askeri imkândan yoksun ve hiçbir dış desteğe sahip olmayan Bosna-Hersek halkını karşı karşıya getirmemek için önce oldukça temkinli bir politika izledi.

Daha sonra, Bosna-Hersek Müslümanlarının direnişlerine Müslüman halklar grubu sahip çıktı. İslâm dünyasının muhtelif bölgelerinden gençler, direnişçiler soykırıma dur demek için bu ülkeye gitti. Özellikle Türkiye’den merhum Necmeddin Erbakan hocanın önderliğindeki Milli Görüş teşkilatları aracılığı ile çok büyük yardımlar gönderildi. Direniş ve savaş aynı zamanda Bosna-Hersek Müslümanları arasında İslâmi bilinçlenmenin artmasını da sağladı.

Aliya’nın önderliğinde Boşnaklar kısa sürede organize oldular, ordu birliklerini kurdular ve dışardan gelen silah yardımları ile direnişlerini arttırarak, Sırplara büyük kayıplar vermeye başladılar.

Ülkelerin yönetimleri Bosna-Hersek Müslümanlarını büyük ölçüde yalnız bıraktılar. Buna ek olarak Avrupa ve ABD, ezilen ve katliamlara maruz kalan Bosna-Hersek halkına hiçbir şekilde destek çıkmadı. Sırpların ve Hırvatların Yugoslavya Ordusu ile birlikte 3 yıl boyunca dize getiremediği Boşnaklar, savaşın lehlerine dönmeye başlaması ile birlikte uluslararası güçlerin baskısı ile karşılaştılar. Bu siyasi baskılar ve eşit olmayan savaş şartları karşısında Aliye İzzetbegoviç, önüne konulan anlaşmayı kabul etmek zorunda kaldı.

1 Kasım1995 tarihinde ABD tarafından dayatılan Dayton Anlaşması'nın imzalanmasıyla savaş sona erdi. Anlaşma Bosna-Hersek topraklarının % 51'ini Müslümanlara ve Hırvatlara, % 49'unu da Sırplara veriyordu. Yönetimin de bu üç halk arasında paylaşılmasını şart koşuyordu.

Bosna-Hersek Savaşı, ABD ve Avrupa'nın haçlı kimliğini bir kez daha gözler önüne sermiştir. İçinde bulunduğumuz zaman diliminde de ABD ve Avrupa, haçlı kimlikleri ile Müslümanlara saldırma ve Müslümanlar arasında bitmek bilmeyen mezhep çatışmalarını yeniden başlatma faaliyet ve eylemlerini sürdürmektedirler.

Savaştan sonra da, yaraların sarılmasında ve ülkenin kalkınmasında önemli faaliyetler yapan Aliya İzzetbegoviç, sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında devlet başkanlığından ve partisinin başkanlığından çekildi. Daha önce iki kez kalp krizi geçiren İzzetbegoviç, 10 Eylül 2003'de evinde aniden bayılması ve düşerek 4 kaburga kemiğini kırması üzerine hastaneye kaldırıldı. 78 yaşındaki Boşnak lider, daha sonra iç kanama geçirdi ve Saraybosna hastanesinde 19 Ekim 2003 günü vefat etti. Aliya Saraybosna şehitliğinde yatmaktadır. Allah rahmet eylesin, mekanı cennet olsun.

Bilge Kral olarak anılan Aliya İzzetbegoviç’in zihinlere kazınmış birçok sözü vardır. İşte onlardan birkaçı…

“Ölmeye hazır olan insanlar, ölmeye hazır olmayanlara karşı daima galip gelirler.” “Kabile ve ulusun dar sınırlarından kurtulmak için kendinizi Müslüman olarak düşünmeye başlayın.” “Din hurafeleri yok etmezse, hurafeler dini yok eder.” “Kur’an edebiyat değil, hayattır. Dolayısıyla O’na bir düşünce tarzı değil, bir yaşama tarzı olarak bakılmalıdır.” “Ey teslimiyet, senin adın İslam’dır!” “Her şeye kadir olan Allah’a andolsun ki köle olmayacağız.” “Bir kelimeyi hiç aklınızdan çıkarmayın: Devlet. Devletin ne kadar önemli olduğunu hepimiz idrak etmeliyiz. Devletsiz bir millet boşluğa düşer, rüzgârda savrulup gider.” “Ben Avrupa’ya giderken kafam önümde eğik gitmiyorum. Çünkü çocuk, kadın ve ihtiyar öldürmedik. Çünkü hiçbir kutsal yere saldırmadık. Oysa onlar bunların tamamını yaptılar. Hem de Batı’nın gözü önünde; Batı medeniyeti adına.” “Sanat için soyunana alkış tutanlar Allah için giyinene neden zulmeder?” “Bir gün askerlerden biri gelip kendisine ‘onlar bizim kadınlarımıza tecavüz ediyorlar, onlar bizim kadınlarımızı, yaşlılarımızı ve çocuklarımızı öldürüyorlar. Buna bigane kalmamalıyız’ dediğinde, Aliya şu veciz sözü söylüyor: “Sırplar bizim öğretmenimiz değiller.”  “Balığın suda yaşaması gibi dünyanın içinde yaşadığı çevre Kur’an ve İslâm’dır.”  “Savaş, ölünce değil düşmana benzeyince kaybedilir.” “Biz de zalimlerden olursak, zulme karşı savaşmamızın bir anlamı kalmaz. Kitaba uyacağız.”  “Ben Müslümanım ve Müslüman olarak kalmaya kararlıyım. Bu hayatımın sonuna kadar böyle devam edecek. Çünkü İslam benim için iyi ve asil olmanın en doğru ifadesidir.”  “Çok yaşadım ve çok yoruldum. Şimdi Sevgilime kavuşmak istiyorum.”  “Hayvanlar açken tehlikeli olur. İnsanlarsa tokken tehlikeli oluyorlar.”  “Kur'an ve İslam sadece hocalara bırakılmayacak kadar önemlidir.”  “Bütün yücelik ve şükran Allah'a aittir ve insanların gerçek kalitesini ancak Allah tespit edebilir.”